COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 12.734763 12.734763 13.262546
2021-04-29 17:00:00 12.298707 12.298707 13.389603
2021-04-28 17:00:00 12.391568 12.391568 13.460386
2021-04-27 17:00:00 10.507393 12.734763 13.602882
2021-04-26 17:00:00 15.321249 15.321249 13.843166
2021-04-25 17:00:00 14.524942 14.524942 14.026187
2021-04-24 17:00:00 12.559996 12.559996 14.192752

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 9.151515 9.151515 9.704625
2021-04-29 17:00:00 11.524823 11.524823 9.917904
2021-04-28 17:00:00 9.757442 9.757442 9.905150
2021-04-27 17:00:00 4.684789 9.427415 9.989595
2021-04-26 17:00:00 10.874439 9.528050 9.847064
2021-04-25 17:00:00 9.265010 10.667461 10.072043
2021-04-24 17:00:00 7.298881 7.298881 10.189554

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 26.219512 26.219512 22.356638
2021-04-29 17:00:00 23.024523 23.024523 22.317693
2021-04-28 17:00:00 22.341697 22.341697 22.204828
2021-04-27 17:00:00 12.693935 23.836389 21.960252
2021-04-26 17:00:00 5.549390 18.423973 21.867981
2021-04-25 17:00:00 20.375000 20.375000 21.649405
2021-04-24 17:00:00 21.536351 21.536351 21.666505

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 11.539560 11.539560 13.193748
2021-04-29 17:00:00 12.643678 12.643678 13.214033
2021-04-28 17:00:00 13.941627 13.941627 13.198125
2021-04-27 17:00:00 12.332440 12.332440 13.269562
2021-04-26 17:00:00 11.419753 13.738067 13.353270
2021-04-25 17:00:00 19.032639 14.417635 13.447164
2021-04-24 17:00:00 16.253361 16.253361 13.504490

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 12.389843 12.389843 11.771508
2021-04-29 17:00:00 12.007981 12.007981 11.724403
2021-04-28 17:00:00 10.473107 10.473107 11.764301
2021-04-27 17:00:00 11.267798 11.267798 11.908671
2021-04-26 17:00:00 17.180381 12.345883 11.977067
2021-04-25 17:00:00 13.038892 13.038892 12.003072
2021-04-24 17:00:00 10.898651 10.898651 12.078350

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 34.615385 34.615385 28.904915
2021-04-29 17:00:00 20.936698 27.554180 28.842125
2021-04-28 17:00:00 16.508100 25.237850 28.060534
2021-04-27 17:00:00 23.136000 23.136000 27.958868
2021-04-26 17:00:00 35.670732 35.670732 28.225464
2021-04-25 17:00:00 30.981120 30.981120 28.491585
2021-04-24 17:00:00 25.665102 25.665102 28.534035

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 11.238293 11.238293 9.480314
2021-04-29 17:00:00 5.109139 11.626638 9.615638
2021-04-28 17:00:00 inf 5.947955 9.849437
2021-04-27 17:00:00 9.226190 9.226190 10.097508
2021-04-26 17:00:00 9.099181 9.099181 10.182062
2021-04-25 17:00:00 8.936377 8.936377 10.207564
2021-04-24 17:00:00 10.548087 10.548087 9.919442

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 6.330437 6.330437 6.024307
2021-04-29 17:00:00 5.380050 6.122338 6.094848
2021-04-28 17:00:00 5.860607 5.860607 6.135159
2021-04-27 17:00:00 5.114658 5.114658 6.103308
2021-04-26 17:00:00 12.294350 5.260860 6.080108
2021-04-25 17:00:00 7.483423 6.479304 6.087521
2021-04-24 17:00:00 6.786384 6.786384 6.146607

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 12.843183 12.843183 11.760861
2021-04-29 17:00:00 11.644101 11.644101 11.816338
2021-04-28 17:00:00 12.453532 12.453532 11.876046
2021-04-27 17:00:00 9.418403 9.418403 11.952072
2021-04-26 17:00:00 16.260163 9.157509 12.081987
2021-04-25 17:00:00 13.906057 13.906057 12.124649
2021-04-24 17:00:00 12.590253 12.590253 12.267383

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 11.802335 11.802335 13.598065
2021-04-29 17:00:00 13.010607 13.010607 13.752418
2021-04-28 17:00:00 13.163001 13.163001 13.842546
2021-04-27 17:00:00 10.014631 16.196050 13.844879
2021-04-26 17:00:00 11.082867 14.248396 14.174613
2021-04-25 17:00:00 13.492935 13.492935 14.502074
2021-04-24 17:00:00 14.036898 14.036898 15.025448

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 14.102564 14.102564 12.492371
2021-04-29 17:00:00 12.193191 12.193191 12.548607
2021-04-28 17:00:00 11.418816 11.418816 12.474825
2021-04-27 17:00:00 10.674964 10.674964 12.462844
2021-04-26 17:00:00 16.803279 12.842428 12.488666
2021-04-25 17:00:00 12.871287 12.871287 12.604070
2021-04-24 17:00:00 12.494558 12.494558 12.693463

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 5.131579 5.131579 5.016560
2021-04-29 17:00:00 7.047619 7.047619 5.376675
2021-04-28 17:00:00 2.790698 4.576659 5.360964
2021-04-27 17:00:00 0.967742 0.967742 5.320719
2021-04-26 17:00:00 4.747774 4.747774 5.308997
2021-04-25 17:00:00 3.892617 3.892617 5.413836
2021-04-24 17:00:00 10.132159 10.132159 5.487600

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 6.615385 6.615385 5.835038
2021-04-29 17:00:00 6.118881 6.118881 5.979673
2021-04-28 17:00:00 4.837431 4.837431 5.963561
2021-04-27 17:00:00 3.067093 3.973510 5.889047
2021-04-26 17:00:00 1.626016 5.600339 5.658055
2021-04-25 17:00:00 8.909574 8.909574 5.656751
2021-04-24 17:00:00 6.614447 6.614447 5.615631

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 34.519573 34.519573 35.750075
2021-04-29 17:00:00 37.634409 48.924731 36.010256
2021-04-28 17:00:00 42.272727 42.272727 36.566023
2021-04-27 17:00:00 31.560284 31.560284 36.102750
2021-04-26 17:00:00 15.533981 36.217304 35.959862
2021-04-25 17:00:00 30.536913 30.536913 36.012405
2021-04-24 17:00:00 25.597270 25.597270 35.739949

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 15.334517 15.334517 16.772392
2021-04-29 17:00:00 16.620669 16.620669 17.058714
2021-04-28 17:00:00 18.799493 18.799493 17.085532
2021-04-27 17:00:00 11.251687 17.307692 17.011859
2021-04-26 17:00:00 19.825480 16.110711 16.763999
2021-04-25 17:00:00 20.148331 20.148331 16.514825
2021-04-24 17:00:00 12.299625 12.299625 16.347448

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 35.612083 35.612083 35.334594
2021-04-29 17:00:00 38.212831 38.212831 36.244855
2021-04-28 17:00:00 32.871795 32.871795 36.719733
2021-04-27 17:00:00 23.208791 23.208791 36.984510
2021-04-26 17:00:00 17.427841 44.903179 36.401965
2021-04-25 17:00:00 50.376884 33.697479 36.604524
2021-04-24 17:00:00 35.154062 35.154062 37.058460

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 8.645432 8.645432 7.919526
2021-04-29 17:00:00 6.418605 6.418605 8.041403
2021-04-28 17:00:00 8.291457 8.291457 8.215525
2021-04-27 17:00:00 6.222639 6.222639 8.313742
2021-04-26 17:00:00 7.640068 8.407726 8.451598
2021-04-25 17:00:00 6.759907 9.274065 8.655851
2021-04-24 17:00:00 8.710562 8.710562 8.767983

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 10.176102 10.176102 11.007879
2021-04-29 17:00:00 10.397883 10.397883 11.165505
2021-04-28 17:00:00 10.914356 10.914356 11.345864
2021-04-27 17:00:00 9.838811 9.838811 11.474277
2021-04-26 17:00:00 13.981167 13.981167 11.711641
2021-04-25 17:00:00 16.541940 11.816461 11.803130
2021-04-24 17:00:00 12.196480 12.196480 11.929299

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 9.214150 9.214150 9.960201
2021-04-29 17:00:00 9.918914 9.918914 10.107019
2021-04-28 17:00:00 9.746835 9.746835 10.228755
2021-04-27 17:00:00 8.161351 10.217968 10.261275
2021-04-26 17:00:00 17.300469 8.752969 10.284809
2021-04-25 17:00:00 11.968918 11.968918 10.467910
2021-04-24 17:00:00 10.217968 10.217968 10.650973

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 14.598540 14.598540 13.118057
2021-04-29 17:00:00 21.534937 12.027491 13.213128
2021-04-28 17:00:00 11.251435 11.251435 13.371850
2021-04-27 17:00:00 9.846154 9.846154 13.407831
2021-04-26 17:00:00 21.739130 13.207547 13.607477
2021-04-25 17:00:00 17.706577 17.706577 13.889003
2021-04-24 17:00:00 13.671875 13.671875 13.996141

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 22.018349 22.018349 23.737384
2021-04-29 17:00:00 30.049261 22.167488 23.899299
2021-04-28 17:00:00 20.218579 20.218579 24.509163
2021-04-27 17:00:00 19.230769 19.230769 24.189347
2021-04-26 17:00:00 76.811594 30.285714 25.461132
2021-04-25 17:00:00 28.089888 28.089888 25.455158
2021-04-24 17:00:00 29.032258 29.032258 25.657976

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-30 17:00:00 20.138002 20.138002 24.706513
2021-04-29 17:00:00 24.993317 24.993317 24.818120
2021-04-28 17:00:00 24.503817 24.503817 25.310316
2021-04-27 17:00:00 21.131323 21.131323 25.228131
2021-04-26 17:00:00 19.822156 34.549833 25.785797
2021-04-25 17:00:00 26.621622 26.621622 25.861996
2021-04-24 17:00:00 14.898489 25.690971 25.943442

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.151515 9.151515 9.704625
Basilicata 26.219512 26.219512 22.356638
Calabria 11.539560 11.539560 13.193748
Campania 12.389843 12.389843 11.771508
Emilia-Romagna 34.615385 34.615385 28.904915
Friuli Venezia Giulia 11.238293 11.238293 9.480314
Lazio 6.330437 6.330437 6.024307
Liguria 12.843183 12.843183 11.760861
Lombardia 11.802335 11.802335 13.598065
Marche 14.102564 14.102564 12.492371
Molise 5.131579 5.131579 5.016560
P.A. Bolzano 6.615385 6.615385 5.835038
P.A. Trento 34.519573 34.519573 35.750075
Piemonte 15.334517 15.334517 16.772392
Puglia 35.612083 35.612083 35.334594
Sardegna 8.645432 8.645432 7.919526
Sicilia 10.176102 10.176102 11.007879
Toscana 9.214150 9.214150 9.960201
Umbria 14.598540 14.598540 13.118057
Valle d'Aosta 22.018349 22.018349 23.737384
Veneto 20.138002 20.138002 24.706513

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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